IntelliJ IDEA支援大部份的版本控制系統（Version Control System，VCS），它以內建的外掛方式支援如CVS、Subversion、Git、Mercurial、Perforce、ClearCase、TFS、Visual SourceSafe等常見的VCS。我們目前使用的是Subversion，IDEA 12內建Subversion 1.7，雖然Apache Subversion已經有1.8版，我推測可能會在IDEA 13裡才會支援。除了預設的VCS功能選單之外，我必裝的外掛之一是SVN Bar，它將常用的Subversion操作命令以按鈕的形式顯示在工具列上。
IDEA預設的VCS操作彈出式視窗熱鍵是〔Alt〕+〔`〕（Backquote，和～在一起的按鍵）。
大部份的IDEA彈出式視窗都有輸入快捷搜尋的功能，例如按〔c〕鍵則自動過濾出有 c 的選項，讓我們能更快速的找到要使用的操作功能。
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